El sitio ha ido cambiando de nombre a lo largo del tiempo, comenzó siendo el Palmar de la Vega justo en donde comienza la región que entonces era conocida como la Gran Chichimeca o el Gran Tunal, enormes extensiones de tierra en donde había una mezcla, una zona de transición llamada "semi-desierto", no lejos de allí están las faldas de la Sierra Madre Oriental que en este punto se conoce como "Sierra Gorda". Sus primeros pobladores fueron Chichimecas, del pueblo Guamare.
Se dice que en algún momento, el Camino Real de la Plata pasaba si bien no por Pozos, si por sus cercanías, eso lo comprobamos con lo escrito por Powell en su muy conocida y afamada Guerra Chichimeca: "Por órdenes de Velasco, se dio oportunidad a los jesuitas de hacerse cargo de la importante fundación de San Luis, en el camino entre Querétaro y las minas de San Luis Potosí", (p.218). Son apenas 9 kilómetros (dos leguas) los que dista, al sur, Pozos de San Luis de la Paz.
Los jesuitas, establecidos en San Luis de la Paz, mantuvieron varias haciendas y minas, una de ellas, Santa Brígida con sus características chimeneas se han vuelto el emblema del Pozos actual. "El siglo XVIII fue la gran época para la misión y colegio de la Compañía de Jesús en el pueblo de San Luis de la Paz, pues sus bienes terrenales se incrementaron muy considerablemente en número y producción, lo que les permitió desarrollar su labor fundamental con mayor amplitud y tenacidad. Para el año de 1711 las haciendas de Manzanares, Lobos y Santa Ana, tenía un valor de 60,465 pesos, pues tan solo en ganado, y para 1720, había entre ellas: 800 cabezas de ganado mayor, 200 caballos, 17,186 ovejas, 8,447 cabras y de 12,000 a 15,000 plantas de uva en el viñedo cercano al colegio y templo; las que en su conjunto tenían un valor de aproximadamente 3,700 pesos". (Isauro Rionda. Los jesuitas en la provincia de Guanajuato, p.60).
Para entonces a los padres de la Compañía (jesuitas), les había sido asignada la parroquia de Pozos, la cual estaba dedicada al apóstol San Pedro, en consecuencia el pueblo cambia de nombre al de San Pedro de los Pozos. Los jesuitas fueron expulsados de Nueva España muy entrado el siglo XVIII, décadas después comenzará la Guerra de Independencia, las minas de Pozos, como todas las de Guanajuato, dejan de operar, son inundadas siendo escasa su producción, el pueblo es prácticamente abandonado.
Un segundo aire llega en pleno porfiriato, Pozos recobra gran importancia al encontrarse oro y plata al grado tal que es elevada a nivel de Ciudad, con el emblemático nombre de Porfirio Díaz. Dice Pedro González: "Antes del año de 1890 el Municipio era enteramente miserable y las recaudaciones ninguna importancia ofrecían; pero ahora, cuando ya puede decirse que está cimentada su vida ordinaria, por haber pasado la época álgida de los descubrimientos de minas, de la fiebre de los negocios de bolsa y el flujo y reflujo de la gente que buscó tesoros...". (p.345)
Pozos, es decir, Ciudad Porfirio Díaz, creció a tal grado que "el 26 de octubre de 1897, quedó formado el Partido judicial, siendo Ciudad Porfirio Díaz la cabecera, con las Municipalidades de Iturbide, Tierrablanca, Santa Catarina y Atarjea; y el Distrito político se formó con los mismos límites que tuvo el Municipio de Pozos" (misma fuente que la anterior.).
Para 1900 "La Ciudad está dividida en seis cuarteles que contienen 9,510 habitantes; la mina de Angustias, con 1,042, y 32 ranchos, con 5,286, lo que da un total de 15,838 habitantes". Pedro González.
Del esplendor porfiriano vino la debacle, y en picada, primero los años de la Revolución, luego la Guerra Cristera, el pueblo en el semi abandono deja de funcionar al rededor de 1924, se convierte en pueblo fantasma, pocas familias se quedan en el lugar, no más de un centenar... Ahora, Mineral de Pozos renace, en 2014 fue nombrado Pueblo Mágico y creo que es uno de los sitios que mejor representan el concepto que la magia encierra.